50年代，当时的基础部承担了学校医学、卫生两个专业的基础理论课的教学工作。80年代初，基础部承担了学校医学、卫生、口腔三个专业的基础理论课的教学工作。现在基础医学院承担了全校各学制（四年制、五年制、七年制、六年制、二年制〈专升本〉）、各专业（临床、卫生、口腔、儿科、护理等）、各层次（研究生、本科、双学位、大专）、各形式（全日制、业余、函授、自考）的基础课的教学工作。其中本科开设了公共基础课20 门，专业基础课14门，七年制开设了必修课 18 门、选修课 22 门，研究生开设了23 门课程。现在基础医学院每学年共承担五万学时的教学任务。
　　1．全日制本专科教育
　　从2003年开始，基础医学院下面设置三个专业进行招生：
　　①法医司法鉴定专业?
　　学制六年，学生前四年在我校学习医学基础课和法医专业课，后两年在南京师范大学法学院学习，学生毕业时获得医学学士和法学学士双学位。
　　该专业旨在培养社会主义现代化建设所需的既具有一定临床医学知识，又具备足够法学理论和鉴定技能、致力于医学司法鉴定和法学事业的跨学科复合型人才。
　　开设的专业必修课主要有：医学鉴定概论、法医病理学、法医临床学、物证检验、司法精神病学、刑法学、民法学、民事诉讼法学、刑事诉讼法学、证据法学等。
　　②临床医学（临床病理学专业方向）?
　　学制五年，学生毕业时学生获得医学学士学位。
　　该专业旨在培养具有外科病理学基础理论、基本知识、基本技能及临床医学知识，能够从事临床病理诊断、进行病理学及相关学科科学研究的专门人才。
　　开设的专业必修课主要有：人解、组胚、生理、生化、病理、微免等专业基础课，内科、外科等临床课，各系统病理学及病理学技术。
　　③生物技术专业
　　学制四年，学生毕业时学生获得理学学士学位。
　　培养具有扎实的生物技术基本理论和实践技能、医学基本知识及相关自然科学知识，能够从事生物医药企事业单位技术工作、产品开发、科学研究与企业管理，具有较强的创新意识、良好的科学素质和职业道德，能够在医药、工业、环保等领域及行政管理部门从事与生物技术相关的技术应用、技术研究、行政管理等方面工作的高级应用型专门人才。
　　 ④生物医学工程
　　学制五年，学生毕业时学生获得工学学士学位。
　　培养具备生命科学、电子技术、计算机技术及信息科学基础理论知识以及医学与工程技术相结合的研究与应用能力，能在生物医学、医学仪器以及其它电子技术、计算机技术、信息产业等领域从事研究教学、科技开发及维护管理的高级工程技术人才。
　　 2．成人教育
　　基础部在文革前承担过学校开设的夜大学医学基础课的教学任务。1985年，学校恢复了夜大学的招生，基础部先后承担了成教业余专科、业余本科、全日制成教专科、本科、各种函授班及卫生部委托的全国血防班的基础教学任务。血防专科班专业课程的教学和毕业论文的审核，全部由我院病原生物学系教师承担。
　　3．研究生教育
　　基础医学院承担了全校博士、硕士研究生部分课程的教学任务。
　　从1997年起，受学校研究生处委托，我院举办了九届研究生课程进修班。这些学员中，有的结业当年就考上了统招的研究生，有些学员参加了全国学位英语考试和综合考试，直接做课题、申请学位。