基础医学院近年来加快了创新平台、创新团队、创新机制的建设，加强基础与临床结合、科学研究与成果转化结合，强化科研队伍建设，完善科研管理政策，深化科研体制改革，在科研工作方面取得了显著的成绩。
学院现有7个省部级重点实验室，包括：江苏省人类生殖调控与危害评估重点实验室、卫生部抗体技术重点实验室、江苏省生殖医学重点实验室、江苏省人类功能基因组学重点实验室、江苏省现代病原生物学重点实验室、江苏省基因表达工程研究中心、江苏省神经退行性疾病重点实验室，其中江苏省人类生殖调控与危害评估重点实验室为江苏省、科技部共建国家重点实验室培育基地。2002-2006年共获得重点实验室建设经费3620万元。
近5年，学院共获得国家自然科学基金项目49项，其中国家自然科学基金重点项目2项，杰出青年基金2项，海外青年学者合作研究基金（杰青B类）2项；国家“863”项目2项；国家“十五”攻关计划1项；国家“973”专项1项。省部级以上课题总经费为3231.3万元。
学院共发表SCI论文114篇，其中1篇影响因子为7.717，创学院历史最高。共获得部省级科技进步一等奖2项、二等奖4项、三等奖6项。
学院科技服务获得经费1092.4万元。
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