基础医学院始终将学科建设放在重中之重的位置。近年来，学院加大对学科建设的投入力度，合理调整学科结构，完善学科设置，促进各学科协调发展，逐步形成了多方位、多层次的学科建设创新体系，为学院的可持续发展奠定了坚实的基础，也为学校向研究教学型大学过渡做出了贡献。
　　学院共有个学科14个，其中国家重点学科1个：药理学；省重点学科4个，包括：人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学、生殖医学，其中人体解剖与组织胚胎学与病原生物学被遴选为江苏省国家重点学科培育建设点；校重点学科3个，包括：生理学、生物化学与分子生物学、免疫学。2002-2006年重点学科建设经费为1760万元。
　　学院通过积极引导和推进学科融合、集成与创新，孕育了神经生物学、生物医学工程等具有竞争力的新兴学科和交叉学科；通过整合学科资源，优化学科布局，形成了以病原生物学、病理学与病理生理学、药理学与神经生物学、生殖医学为核心的4个优势学科群，从而推动了学科布局更加适应前沿医学趋势，实现了学科捆绑式发展，促进了多学科的交叉融合和共同发展，提升了学院整体竞争力。